Etter studiene jobbet Axel Aubert fra 1899 ved Engene Sprengstoffabrik på Sætre (Hurum). Fra 1917 var han direktør i Norsk Sprængstofindustri A/S. I 1926 ble han generaldirektør i Hydro og la til rette for et tett industrisamarbeid med I.G. Farbenindustrie i Tyskland.
For å gjøre Hydro til produsent av lettmetall bidro han til at selskapet i 1941 innledet et samarbeid med I.G. Farbenindustrie og den statlige, tyske flyindustrien om byggingen av fabrikker for fremstilling av magnesium og aluminium. Anleggene på Herøya ble bombet av allierte styrker i 1943. Aubert døde kort tid etter at han hadde besøkt Rjukan og Vemork og sett de omfattende skadene etter de alliertes bombing av industri, kraftverk og hydrogen/tungtvannsanlegg i november -43.
