Varvet grundades som träskeppsvarv på 1840-talet. År 1853 levererade varvet sin första ångslup och fick år 1854 Motala verkstad som delägare. Lindholmens varv och Motala verkstad kom under lång tid att ha ett nära samarbete. På Lindholmen byggdes Göteborgs första torrdocka år 1875. Varvet blev en sektion av Eriksberg år 1971 och drevs därefter som ett reparationsvarv fram till 1976.