Byggnadsår är oklart men byggnaden finns med på en karta från 1718. Häri kom till en början tomma tunnor att förvaras. Under mitten av 1700-talet fick den sitt ungefärliga utseende i form av stenhus. Likt många andra byggnader byggdes magasinet om till provisoriskt sjukhus 1808. Från 1845 kom byggnaden att användas till spannmåls- och brödförråd. 1879 inreddes delar av magasinet för brännvinslagring.
1901 kortades norra änden med två meter och en ny tegelgavel ersatte den gamla. I samma veva förlängdes Kronobageriet bredvid och byggdes samman med Tunnebodsmagasinet. Mycket av byggnadens bärande del i trä byttes ut mot järn. Flera ombyggnationer och renoveringar skedde under 1900-talet. Den största skedde 1989-90, då Kustbevakningen flyttade in sin ledning och gjorde huset till administrationsbyggnad med all ombyggnation som krävdes därtill.