Fiskeridepartementets rådgivende og utøvende organ i fiskeri-, havbruks- og havmiljøspørsmål. Direktoratet har en rekke oppgaver knyttet til forvaltningen av fiskeressursene og er ansvarlig for den ytre etaten som består av Kontrollverket og Rettledningstjenesten i fiskerinæringen. Havforskningsinstituttet ble skilt ut fra direktoratet i 1989. Fiskeridirektøren er den administrative leder av direktoratet, som har følgende avdelinger: administrasjon, ressurser, kyst og havbruk, statistikk og edb.
Viktige saksområder er deltakelse i forhandlinger om fiskeriavtaler med andre land, frednings- og reguleringssaker, kvotefordeling, konsesjonsordninger innen fiske og oppdrettsvirksomhet, gjennomføring av ressurskontroll bl.a. i samarbeid med Kystvakten, utarbeiding av driftsøkonomiske undersøkelser i fiskeriene og havbruk, føring av fiskeristatistikk, oppgaver i forbindelse med oljevirksomhet, utøvelse av kvalitetskontroll, informasjons- og rettledningstjeneste m.m.